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調査の通知

実地調査にあたっては、調査担当者から事前に、法人又は税務代理人（税務代理権限証書を提出している税理士等）に対して、調査対象税目、調査対象事業年度、調査担当者、調査の時期等の連絡があります。

その際、国税関係帳簿書類のほかに準備してもらいたいものがあると、別途準備を依頼されることがあります。

他方、通知を受けた法人等では、調査対象年度の国税関係帳簿書類の準備を進めます。

法人税の場合、帳簿等の決算関係書類は納税地（本店）で保存することになっていますが、取引関係書類については本店以外に保管されていることもあるため、適宜必要書類の取寄せを行います。

調査官との面談は会議室等で行われますが、会議室が一つしかない会社の場合、予め会議室を抑えておく必要もあります。

臨場調査

調査官による臨場調査では、まず社長等から事業の概要や現況、社内のシステム等に対する説明が求められることが一般的です。

したがって、法人等では、必要に応じて説明資料の準備や説明者の手配を済ませておきます。

こうした概要の調査を踏まえて、個々の調査対象項目について調査官の質問に答える形で臨場調査は進みます。

質問は個々の取引内容や経理処理といった項目に及ぶため、法人等でしっかりと質問に答えられるようにしておきます。

法人等で十分に質問に対応できない場合、調査官は法人等の取引先に対して書面や電話で反面調査を行うこともあるため注意が必要です。

調査結果

こうした一連の調査を経て、最後には調査官から調査結果の説明を受けることになります。

調査の結果、課税所得算出の基礎となる取引内容や経理処理について、調査官が法令解釈や事実認定に誤りがあると考えた場合、その内容や金額について説明があります。

その上で金額が僅少であれば調査官から修正申告の勧奨が行われます。

法人等では、調査官の説明に納得がいけば修正申告に応じます。

納得ができない場合、調査官にどのような理由で修正申告に応じられないのか説明します。

この場合、調査担当部署では、調査結果及び法人等の説明を踏まえ、必要に応じて税務署長命で更正処分が行われます。

異議申立・審査請求

法人等が更正処分に納得できない場合、更正処分の通知を受けた翌日から2カ月以内に、税務署長に対して異議申立をすることができます。

税務署長が法人等の異議を認めない異議決定を行った場合、法人等は異議決定書の謄本送達のあった日の翌日から1カ月以内に、国税不服審判所長に対して審査請求を申立てることができます。

なお、法人等が修正申告に応じた場合は、その後に異議申立をすることはできません。

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